无土栽培还有一个显著优势就是大大减轻了土传病害。蔬菜病虫害中，60%与土壤有关，解决了土传病害，就明显降低蔬菜病虫害。

需要强调的是，无土栽培尽管能有效解决土传病害，但无土栽培并非传说那样没有病虫害！仍然会面临其它病虫害。另外，营养液的大面积循环使用，也存在水传病害的可能性。

基质培需要注意病虫害通过基质传播。尽管无土栽培的基质培基质含水量通常远大于土培，可以抑制一些虫害繁衍（比如迟眼蕈蚊即韭蛆），但仍不能杜绝所有病虫害的传播，所以，基质每茬需要消毒灭菌灭虫。